বিএফএসএর কাঠামো উন্নয়নশীল পর্যায়ে রয়েছে। তবে, ফুড সেফটি অ্যাক্ট, ২013 অনুসারে বিএফএসএতে কমপক্ষে পাঁচ (5) কার্যকরী বিভাগ থাকবে। চেয়ারম্যান হলেন চীফ এক্সিকিউটিভ (এক্সিকিউটিও) একটি সিনিয়র ম্যানেজমেন্ট টিম, খাদ্য নিরাপত্তা বিশেষজ্ঞ এবং প্রয়োজনীয় প্রযুক্তিগত ও প্রশাসনিক সহায়তা কর্মীদের দ্বারা সমর্থিত।

বিএফএসএ কর্তৃক পূর্ণ হওয়া উচিত এমন বহুমুখী বিধিবদ্ধ কর্তব্য ও কাজগুলির বিবেচনায়, এটি সরকারকে সাত (7) কার্যকরী বিভাগগুলির সাংগঠনিক কাঠামোর প্রস্তাব দিয়েছে, যার প্রতিটি পরিচালক নীচের হিসাবে উল্লেখ করেছেন।

• খাদ্য নিরাপত্তা প্রয়োগ এবং বিশুদ্ধতা নিরীক্ষণ বিভাগ
• ফুড ল্যাবরেটরি নেটওয়ার্ক সমন্বয় কার্যক্রম বিভাগ
• খাদ্য নিরাপত্তা স্ট্যান্ডার্ড এবং মানের আশ্বাস বিভাগ
• খাদ্য নিরাপত্তা ঝুঁকি মূল্যায়ন এবং যোগাযোগ বিভাগ
• গবেষণা ও উন্নয়ন বিভাগ (প্রস্তাবিত)
• তথ্য প্রযুক্তি বিভাগ (প্রস্তাবিত)
• কর্পোরেট এফেয়ার্স এবং এনফোর্সমেন্ট অডিট বিভাগ